“国安局”于1998年9月间，发文要求涉外部门返还“巩案”垫款，殷宗文与前“总统秘书室主任”苏志诚，也多次要求时任涉外部门负责人的胡志强返还代垫款，台涉外部门遂于1999年将款项归垫。殷宗文于1999年间升任“国安会秘书长”后，透过不知情的前“国安局会计长”徐炳强、前“出纳组长”刘冠军，将750万美元的美金旅行支票及294545美元的现金，交给刘泰英。

　　检方说，殷宗文在升任“国安会秘书长”前，为避免挪用公款遭人发觉，向徐炳强转告李登辉的指示，要求徐炳强不得将“巩案”余款经费列入移交及报告新任“国安局局长”丁渝洲，所以丁渝洲任内全然不知道有这件事。

　　检方表示，刘泰英收到款项后，先将其中的15万美元美金旅行支票及29万余美元的现金截留作为己用，再将余款透过不知情的润泰集团负责人尹衍梁协助洗钱，再由尹衍梁以捐赠名义，非法挪移到台综院。刘泰英再将这笔钱用来购买股票、基金，以及支付台综院购置院舍价金、装置费、人事费等费用。

　　特侦组指出，李登辉涉及“贪污治罪条例”侵占公有财物罪、违反“洗钱防制法”等罪嫌；刘泰英涉及“贪污治罪条例”侵占公有财物罪、违反“洗钱防制法”、“税捐稽征法”帮助逃漏税捐罪、“刑法”伪造文书罪。特侦组另认定尹衍梁涉嫌违反“税捐稽征法”，已发交台北地检署侦办。